Dès 1210, l’enseignement des ouvrages d’Aristote relatifs à la philosophie de la nature est interdit sous peine d’excommunication. Ce sera le cas tout au long du siècle : en 1270, Thomas d’Aquin, qui est alors à Paris, voit de près une nouvelle condamnation qui le pousse à travailler le sujet qui relie physique, métaphysique et religion. Dans ses réflexions épistémologiques, il se demande notamment s’il est légitime d’utiliser des conceptions et méthodes mathématiques dans la philosophie naturelle (c’est-à-dire la physique). Après tout, ce sont deux champs tout à fait séparés. Pourtant, conclut-il, on peut établir des passerelles valides (à condition d’être rigoureux) au point qu’ « il n’est pas incorrect d’utiliser en physique des principes mathématiques dans les démonstrations. En effet, elle n’est pas absolument d’un autre genre, mais elle est, en quelque sorte, contenue sous le genre des mathématiques. »
Pour Thomas, la physique est à la géométrie ce que la géométrie est à l’arithmétique. Il conçoit ainsi une nature écrite en langage mathématique avec ses formes géométriques les plus simples : des droites et des cercles. Idée qui annonce Galilée, lui aussi commentateur du Traité du ciel. D’ailleurs, Thomas critique la cosmologie de Ptolémée avec une petite pique : ce n’est pas parce que le modèle semble cohérent dans les calculs qu’il est nécessairement vrai.
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