Plusieurs distinctions mathématiques lui rendent hommage en récompensant des femmes mathématiciennes. La Breakthrough Prize Foundation a annoncé fin 2019 la création du prix Maryam Mirzakhani Nouvelles Frontières, décerné à des femmes exceptionnelles dans le domaine des mathématiques. En France, le prix junior Maryam Mirzakhani récompense chaque année trois étudiantes en dernière année de licence ou en master pour un premier travail de recherche ou une étude bibliographique en mathématiques.
À l’initiative de la Fondation mathématique Jacques Hadamard (FMJH), ce prix vise à encourager les jeunes étudiantes à poursuivre dans cette discipline. En France, plus encore qu’ailleurs, beaucoup de jeunes filles ayant d’excellents résultats en mathématiques au lycée abandonnent cette voie dans l’enseignement supérieur. Avec cette initiative, la FMJH souhaite créer un symbole fort, pour aider les jeunes femmes à envisager un avenir dans la recherche mathématique. « Et quelle plus belle image féminine peut-on projeter pour inspirer les jeunes esprits que celle de Maryam Mirzakhani, brillante étoile des mathématiques ? »